使用教程
1. CottonMind 概述
CottonMind 是面向棉花研究场景构建的智能文献与知识助手，围绕棉花领域文献、基因功能、性状、品种、育种与栽培等知识需求，提供文献检索、证据追踪、智能问答、全文阅读、自动更新和个人知识管理等功能。
平台以持续更新的棉花领域知识库为基础，结合检索增强生成、知识图谱查询和大语言模型推理，为用户生成有依据、可追溯的回答。除问答外，CottonMind 还支持从最新文献监测、领域检索、论文解读、翻译总结、思维导图到汇报材料生成的一体化科研工作流，帮助研究者更高效地获取、理解和复用棉花研究知识。
2. 首页界面
首页集中展示 CottonMind 的核心能力和功能入口，用户可以快速了解平台定位，并进入文献自动更新、AI 检索与问答、AI 加速阅读、品种信息、知识图谱和我的文库等页面。
页面顶部提供快捷提问入口，用户可直接输入棉花相关问题，系统会跳转到 AI 检索与问答页面并生成对应回答。页面中部展示主要功能模块和典型问题示例，帮助用户快速熟悉平台适合处理的研究任务。
首页底部围绕“周报概览 - 更新文献列表 - 单篇文献智能总结”的路径组织近期文献内容，便于用户快速把握棉花领域最新研究进展。
3. AI 检索与问答
AI 检索与问答页面采用会话式研究检索体验。页面通常由会话管理区、问答对话区和文献详情区组成，用户可以在同一界面完成问题提出、证据查看和结果追踪。
左侧会话区域支持新建会话、切换历史会话、重命名和删除会话，便于用户按研究主题长期管理问答记录。中间对话区提供典型棉花研究问题示例，例如文献检索、基因功能、基因注释和品种特征等；用户也可以在底部输入框中手动提出自定义问题。
右侧文献详情区会根据当前回答同步展示相关文献来源，帮助用户在阅读 AI 回答的同时核对论文标题、发表信息、DOI、摘要和研究亮点，从而形成“提问 - 回答 - 溯源”的闭环。
3.1 文献检索
用户可以直接用自然语言提出文献需求，系统会自动解析检索意图和关键词，并在棉花领域知识库中匹配相关文献。
- 常规文献检索：支持按研究方向、基因、性状、作者、发表时间、期刊等条件检索棉花相关文献。当问题没有明确要求“重要”“经典”等排序方式时，系统默认按相关性返回结果，并在回答中列出最相关的文献。
- 重要文献检索：当问题包含“重要”“经典”“代表性”等表达时，系统会结合文献影响力、关联关系和领域知识，对候选文献进行排序，帮助用户快速定位更值得优先阅读的论文。
- 结果可视化：部分检索结果会同步生成文献年份分布、期刊分布或关键词关联图，辅助用户理解研究主题的发展趋势和热点方向。
用户可点击回答中的论文标题或右侧文献详情，跳转到对应文献详情页或原文链接，查看基础信息、摘要、研究问题、方法、发现和研究意义等内容。
每条 AI 回答底部提供复制、重新生成、保存到文库、查看完整文献结果和删除等操作，方便用户整理检索结果并沉淀到个人知识库。
3.2 专业领域问答
CottonMind 支持面向棉花研究的专业领域问答，可回答基因功能、基因注释、性状调控、品种特征、育种材料和栽培适应性等问题。
在专业问答结果中，系统会尽量突出关键生物实体，例如基因、性状、品种、通路和文献证据。用户可以围绕回答继续追问，也可以通过引用文献进一步查看证据来源，提高回答的可验证性和可复用性。
4. AI 加速阅读
AI 加速阅读模块用于帮助用户快速解析、理解和整理棉花相关学术论文。用户既可以上传本地 PDF 进行智能分析，也可以从平台推荐的经典或高影响力论文中直接进入阅读。
4.1 开始文献智能分析
用户可以根据需求选择两种方式开始文献分析：
- 上传个人文献：将 PDF 拖拽到上传区域，或点击上传区域选择本地 PDF 文件。系统支持带有可复制文本层的 PDF，单个文件大小不超过 50 MB；扫描版或纯图片 PDF 暂不支持解析。
- 阅读平台推荐文献：平台会展示棉花研究领域的推荐论文，用户点击对应论文卡片即可进入 AI 加速阅读界面，无需手动下载或重新上传。
文献成功打开后，会进入统一的 AI 阅读工作区。左侧为 PDF 原文预览区域，支持逐页阅读和对照查看；右侧为 AI 分析面板，集成智能总结、问答、翻译、思维导图、PPT 和笔记等工具。
4.2 历史记录管理
用户上传或打开过的文献会出现在历史记录区域。再次阅读时无需重复上传，点击历史记录中的文件名即可快速切换当前分析对象。
该功能适合连续阅读多篇论文、对比不同研究结果，或在一段时间后回到已分析文献继续追问和整理。
4.3 文献解读工具
AI 加速阅读右侧面板提供多模式工具栏，用户可根据当前阅读目标切换不同工作状态。每个模式都围绕当前论文展开，帮助用户从摘要理解、全文翻译、结构梳理到科研材料生成完成连续工作。
4.3.1 智能总结与问答
“总结与提问”通常作为默认模式。系统会对论文内容进行结构化整理，按标题信息、研究背景、研究方法、关键结果和结论等维度展示核心内容，并标注关键词和研究方向，帮助用户快速把握论文主旨。
该模式底部提供智能问答输入框。用户可以围绕论文提出具体问题，例如实验设计、数据含义、关键基因作用机制、材料来源或结论可靠性等。系统会基于全文内容进行语义检索和回答，降低逐段阅读的理解成本。
4.3.2 全文翻译
切换到“全文翻译”模式后，系统会将论文内容翻译为中文，帮助用户跨越语言障碍进行快速阅读。翻译结果可用于通读论文，也可配合原文预览进行逐段对照。
翻译面板通常提供下载、收藏或关联到我的文库等快捷操作，便于用户把重点论文纳入后续管理。
4.3.3 思维导图生成
切换到“思维导图”模式后，系统会自动梳理论文整体逻辑，生成层级化的研究框架，包括研究背景、核心问题、实验设计、关键发现和结论意义等内容。
用户可在编辑模式下调整导图结构和节点内容，也可以在需要时重置为系统初始版本。导图适合用于组会汇报、文献精读记录和研究思路整理。
4.3.4 PPT 生成
切换到“PPT”模式后，系统会提取论文的核心观点、关键数据、研究创新点和结论，生成适合学术汇报的演示材料框架。
用户可选择不同模板生成 PPT，并根据需要重新生成或下载结果。该功能适合文献汇报、课题组讨论和阶段性研究整理。
4.3.5 笔记创建
切换到“笔记”模式后，用户可以在阅读过程中记录研究想法、问题、批注和灵感。保存后的笔记会与当前论文关联，并可在我的文库中统一查看。
每条笔记支持后续编辑和删除，有助于用户把阅读过程中的零散信息沉淀为可长期复用的知识记录。
4.4 文献文本交互
在左侧 PDF 预览区域中，用户选中文本片段后，可触发快捷交互菜单。常见操作包括解释选中文本、围绕选中文本提问、添加到笔记等。
这一功能适合处理难懂段落、复杂实验描述或关键结论，使用户能够针对论文局部内容进行精确分析，而不必反复复制粘贴。
5. 文献自动更新
文献自动更新页面集中展示平台持续收集和同步的最新棉花相关文献，为用户提供追踪前沿动态、获取新发表论文和观察研究热点的统一入口。
页面会展示棉花领域文献的时间分布和更新列表。用户可以在卡片视图和列表视图之间切换：卡片视图适合快速浏览标题、期刊和摘要；列表视图则适合进行详细阅读、筛选和比较。
更新文献通常按平台收录时间倒序排列。用户可展开每个更新批次，查看论文作者、期刊、发表日期、摘要、研究亮点等信息，并可跳转原文、收藏到我的文库或一键进入 AI 加速阅读。
用户也可以通过周报入口查看某一周期内的棉花文献更新总结，包括整体概览、关键词趋势和单篇文献智能摘要。
6. 我的文库
“我的文库”是个人文献管理和知识沉淀中心。页面采用左右分栏布局，左侧用于切换知识库和笔记分类，右侧根据当前选择展示文献列表、阅读笔记或 AI 问答记录。
用户可以把 AI 检索结果、上传 PDF、收藏论文、翻译内容、笔记和问答记录沉淀到文库中，形成围绕个人研究主题持续积累的资料库。
6.1 知识库管理
“我的知识库”支持灵活的文献分类管理。系统提供默认文件夹，用户也可以点击添加按钮创建自定义文件夹，用于按课题、基因、性状、项目或阅读阶段组织论文。
文件夹支持重命名和删除。点击某个文件夹后，右侧会展示该分类下的全部文献。文献列表显示文件名、所属文件夹、上传或收藏时间、关联笔记数量等信息，便于用户快速识别和管理。
右侧顶部提供文献搜索框，可按文件名或关键词检索目标文献。用户也可以勾选多篇文献进行批量移动或删除，提升文献整理效率。页面还支持直接上传 PDF，并将其解析后保存到当前文库。
6.2 笔记与知识回顾
“我的笔记”汇总用户在 AI 加速阅读和 AI 检索问答过程中产生的知识记录，主要包括阅读笔记和 AI 检索与问答记录。
阅读笔记用于保存用户在论文精读过程中记录的批注、思考和问题；AI 检索与问答记录用于回顾历史提问、AI 回答和相关证据。顶部搜索框支持按笔记内容、问题关键词或创建时间查找目标记录。
该模块把“文献 - 阅读想法 - 问答证据”组织到同一知识管理体系中，帮助用户实现长期留存、高效复用和系统化整理。